单细胞基因组测序_百度百科
单细胞基因组测序
单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增，获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。从方法学角度来看，获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障。相较于以往的非线性或指数型扩增方法，由哈佛大学谢晓亮院士发明的MALBAC（Multiple Annealing andLooping Based Amplification Cycles，简称MALBAC），即多次退火环状循环扩增技术在扩增覆盖度、均一性及灵敏度方面有很大提高，是目前单细胞扩增领域的最先进技术。
单细胞基因组测序内容
单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个的微量全基因组进行扩增，获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。
从方法学角度来看，获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障。多重置换扩增(multiple displacement amplification，MDA)利用随机引物和等温扩增可以获得高保真的DNA大片段，但该方法的主要缺陷在于非平衡的基因组覆盖率、扩增偏倚、嵌合序列及非特异扩增等[1]。尽管各种改进的策略正在逐步减少这些缺陷，高覆盖率、高保真性及高特异性的扩增仍然是亟待解决的问题。另外，还有科研人员利用DOP-PCR进行全基因组扩增(whole-genomeamplification，WGA)及DNA测序对单个乳腺癌细胞进行了拷贝数变异的分析，进而推断出细胞的群体结构和肿瘤的进化过程。但是由于该方法的基因覆盖率较低，而且不能在单个核苷酸的分辨率上评价单个肿瘤细胞的遗传学特征，故并不能检测在肿瘤发展过程中发挥重要作用的单个核苷酸的改变。2012年，哈佛大学谢晓亮院士在《Science》发表了单细胞全基因组扩增新技术MALBAC（Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles，简称MALBAC），即多次退火环状循环扩增技术[2] [3]。不同于以往的非线性或指数型扩增方法，MALBAC技术利用特殊引物，使得扩增子的结尾互补而成环，从而很大程度上防止了DNA的指数性扩增，从而解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚，并使基因组测序的模板需求量从ug级降至单细胞水平。MALBAC技术原理如下：
图1：MALBAC技术原理
图1：MALBAC技术原理
MALBAC Primers having a 27-ntcommon sequence followed by eight random nucleotides are annealed to thegenomic DNA template. Strand-displacement synthesis generates partialamplicons, which are subsequently denatured from the template at 94°C. Primingto new positions on the genomic DNA template generates more partial amplicons,which increases coverage of the genome with a resulting reduction inamplification bias. Priming nad extension on the partial amplicons yield completeamplicons having the MALBAC primer sequence at 5’ end and its complementarysequence at the 3’ end. Denaturation at 94°C regenerates the original templateand a now larger and more diverse pool of partial amplicoms. Full ampliconsform loops, which may be resistant to subsequent amplification andhybirdization. Full amplicons are generated for eight cycles and theexponentially amplified by about 14-21 cycles using primers complementary tothe common region of the MALBAC primers[1]
常见的全基因组扩增方法(whole-genomeamplification，WGA)比较如下：
表1：常见WGA方法比较
表1：常见WGA方法比较
通过比较我们发现，MALBAC技术具有如下优势：
降低PCR扩增偏倚，使得单细胞中93%的基因组能够被测序[2]
这种方法使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易，因此能够发现个别细胞之间的遗传差异。这样的差异可以帮助解释癌症恶化的机制，生殖细胞形成机制，甚至是个别神经元的差异机制。
灵敏度高：单细胞、单染色体或0.5pg的基因组DNA即可进行扩增。
扩增均匀性显著优于其它技术，测序数据可进行CNV分析，用于21三体等染色体变异检测。
扩增产物用途广泛：可用于二代测序、微阵列、qPCR、基因克隆。
目前，MALBAC技术现在已经成功应用于人类单精子、植入前产前筛查的囊胚和极体、早期发育胚胎、肿瘤细胞、刑侦现场痕量物证和部分微生物。
单细胞基因组测序参考文献
Yilmaz S, Singh AK.Single cell genome sequencing. Curr Opin Biotechnol ): 437-43.
Zong CZ, Lu SJ,Chapman AR,XieXS.Genome-Wide Detection of Single Nucleotideand CopyNumber Variations of a Single Human Cell. Science 4):1622-6.
Lu SJ, Zong CZ, Xie XS, et al. ProbingMeiotic Recombination and Aneuploidy of Single Sperm Cells by Whole GenomeSequencing using MALBAC. Science 4):1627-30.
Balogh M K. Application of whole genomeamplification for forensic analysis. Elsevier :725-727.
Pinard R, de Winter A, Sarkis G J, etal. Assessment of whole genome amplification-induced bias throughhigh-throughput, massively parallel whole genome sequencing. Bmc Genomics ): 216-20.
．Science．[引用日期]
．Science．[引用日期]
企业信用信息指数族分布_百度百科
指数族分布
本词条缺少信息栏、名片图，补充相关内容使词条更完整，还能快速升级，赶紧来吧！
指数族分布(exponential family of distribu-dons)亦称指数型分布族.统计中最重要的参数分布族。
指数族分布(exponential family of distribu-dons)亦称指数型分布族，统计中最重要的参数分布族。设{f(x,B); BEO}为分布密度函数族，若f (x,B)具有形式[1]
而a (B) ,WG1 (B) ,WG2 (B) , &.. fWGk (B)是k维参数空间日上的有限函数，a(B)W,T,(x),TZ(x),&&&,Tk(x)是样本空间(压仑户，居、一)上的有限可测函数，h (x)是(压君产，居、一)上的正值可测函数，则称{f(x,B); BEO}为指数族分布.对于离散概率分布族{P(x,B); B任O}，其中概率函数P(x,B)具有形式
同样称为指数族分布。
企业信用信息什么是半定量RT-PCR,扩增时为什么在指数增长期终止,怎么确定的最好能阐述一下半定量RT-PCR的一些基本知识.急用
kxnzqvn182
在指数增长期,得到的产物才和循环数有线性的关系,到了平台期,随着循环数的增加,产物增加很少,或不增加,因此没法定量了.关于RT-PCR
为您推荐：
其他类似问题
扫描下载二维码帮忙看个奇怪的扩增曲线(扩增曲线,平台期,指数期,温度) - PCR实验 - 生物秀
标题: 帮忙看个奇怪的扩增曲线(扩增曲线,平台期,指数期,温度)
摘要: [帮忙看个奇怪的扩增曲线(扩增曲线,平台期,指数期,温度)] 帮其他实验室的人做的实验，跑了4个primers。其中有一个primer很奇怪，扩增曲线指数期不是很光滑，有个拐点。另外，这个primer在接近38-39个循环时才开始扩增，一直到80个循环左右才进入平台期，而且样本明显呈现两簇。看了一下melting curve 是单峰，NTC没有扩增。我问了他们关于这个primer前期摸条件的情况，他说原来是跑过45个循环，跑胶的时候这个primer没有任何产 关键词:[扩增曲线 指数期 平台期 温度 前期 跑胶 单峰]……
帮其他实验室的人做的实验，跑了4个primers。其中有一个primer很奇怪，扩增曲线指数期不是很光滑，有个拐点。另外，这个primer在接近38-39个循环时才开始扩增，一直到80个循环左右才进入平台期，而且样本明显呈现两簇。看了一下melting curve 是单峰，NTC没有扩增。我问了他们关于这个primer前期摸条件的情况，他说原来是跑过45个循环，跑胶的时候这个primer没有任何产物出现。这种曲线在什么情况下才会出现呢？是不是在这个温度下，这个primer的效率太低了？还是其他原因呢？没有多少realtime PCR的经验，把melting curve 和amplication curve的图贴在下面了；求指教~~感谢~
相关热词：
..........
生物秀是目前国内最具影响力的生物医药门户网站之一，致力于IT技术和BT的跨界融合以及生物医药领域前沿技术和成功商业模式的传播。为生物医药领域研究人员和企业提供最具价值的行业资讯、专业技术、学术交流平台、会议会展、电子商务和求职招聘等一站式服务。
官方微信号：shengwuxiu
电话：021-