小作坊小作坊食品生产许可证加工许可证办理主要有以下几方面困难：
1、生产场地：取小作坊食品生产许可證生产许可证对生产场地的选址工艺流程，要求人流物流要分开

防止交叉污染配备消毒设备，通风系统采光等都有严格要求。
2、生產人员：小作坊食品生产许可证生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训囮验员.
3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.
二、办理小作坊食品生产许可證生产许可证需要准备的材料：

1、有效期内名称预先核准通知书（或营业执照）复印件；
3、法定代表人、负责人或投资人的资格证明或身份证复印；
4、经备案的企业标准（无国家标准企业采用的企业标准）；
5、生产加工场所有关情况、平面图（标尺寸、面积等主要参数）及其有权使用证明材料（房产证、土地使用或租赁合同）；
7、各功能间布局图复印件（标尺寸、面积等主要参数）；
9、（附关键参数说明）；
10、当地环保部门核发的符合要求的证明文件复印件(环境影响批复及验收报告或环保主管部门出具的证明文件)；
11、产品出厂检验报告、原始记录、产品比对实验报告、协议及报告；
12、产品使用说明书或产品标签；
13、各项质量安全产管理制度文本及清单；
14、生产设备、检验设備清单及有权使用证明(购买凭据、合同或企业自我承诺书)；