随机生存森林在高维生存资料中的降维分析--《南京医科大学》2012年硕士论文
随机生存森林在高维生存资料中的降维分析
【摘要】：随着生存分析研究工作的不断深入,许多研究者发现即使临床因素相似的患者预后也会存在较大的差异。因此越来越多的研究者开始将目光转移到研究遗传因素对疾病预后的影响。随着高通量技术的快速发展和相关实验成本的降低,使得基因组学相关的数据急剧增加。该类型的研究数据表现为：预测变量的个数p远大于研究的观察对象个数n(pn)。传统的单变量Cox回归分析,多重比较校正后,检验效能很低：同时该类型数据内部结构复杂,因此不再适用。基因组学高维数据中,绝大部分的预测变量是没有生物学意义的,仅有小部分的预测变量与结局变量存在紧密关联。因此统计学家们提出一个新颖的分析思路：先降维去噪,再进行后续的分析。
随机森林法是目前常用的处理高维数据的机器学习法之一。该方法无需事先指定参数的分布特征,并且可以评价每个预测变量对结局的预测能力；同时利用内部交叉验证评价其预测错误率并能够保证有较高的准确性。因其表现突出,不断地被应用于高维数据的研究分析中。随机生存森林是随机森林的发展,适用于右截尾的生存资料。
本研究利用模拟数据和实例分析重点考察随机生存森林在高维基因分型相关的生存资料中筛检有主效应位点的能力。
模拟试验分三个部分：分别设置模拟数据中只有一个风险位点、两个风险位点和五个风险位点的三种情况。考察位点间存在的连锁不平衡强度(分为0.0～0.2,0.2～0.4,04～0.6,06～0.8几个等级),以及位点的风险比(HR=1.2,1.4,1.6,1.8,2.0),对随机生存森林的筛选结果有何影响,从而为实际数据分析过程提供指导建议。
主要结果：
1.随着HR的增加,风险位点的重要性评分(VIMP)越高,1000次随机生存森林中,按照平均的VIMP大小排序,排在前几位的比例也随之增加。
2.在两个风险位点的模型中,随着nax r2的增加,风险位点的重要性评分减小,根据平均VIMP排序,两个位点都排在前四位的比例也随之减小,最低为70.6%。当两个位点HR都为1.4时,即使存在较高的LD,两个位点都排在前四位的比例至少占到89.0%。
3.在多个风险位点的模型中(本研究选择5个位点为例),当选取与其他位点连锁不平衡较弱的位点作为风险位点时,五个位点都排在前7位的比例高达92.5%；当选取的风险位点与其他位点存在不同程度的连锁不平衡时,五个位点都排在前7位的比例为80.6%。
4.实例分析：利用随机生存森林法对120位肺癌患者399个SNPs进行降维分析,随机生存森林筛选出25个重要的SNPs,控制临床协变量(临床分期,是否手术,组织病理学)的多元Cox比例风险模型显示有4个位点有统计学意义。交叉验证结果表明,该模型的平均准确度达83.63%。
结论位点的主效应越强,随机生存森林法的重要性评分也就越高。与风险位点高度连锁不平衡的非风险位点的重要性评分也会略有增加,同时会导致风险位点的重要性评分减小,风险位点按重要性评分排序后,排在前面的概率会略有下降,随机生存森林选择风险位点的准确性也就有所下降,降维能力减弱。因此,在使用RSF筛选变量时,可以适当多保留一些前几位的位点,为进一步分析用。总之,对高维生存资料利用随机生存森林法先降维去噪,再作进一步分析的思路,能够有效地提高随机生存森林的降维能力,从而提高后续分析的检验效能,有助于预后预测模型的建立。
【关键词】：
【学位授予单位】：南京医科大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2012【分类号】：R181.3【目录】：
缩略词汇表4-6摘要6-8Abstract8-111.前言11-142.随机生存森林简介14-17 2.1 分类回归树14 2.2 随机生存森林14-173.模拟试验及其分析17-35 3.1 基于THSD4基因产生模拟数据17-20 3.2 单个风险位点的分析20-21 3.3 两个风险位点的分析21-32 3.4 多个风险位点的分析32-354.实例分析35-41 4.1 研究对象35 4.2 基因分型35 4.3 数据分析35-37 4.4 结果37-415.讨论41-426.结论42-43参考文献43-45附表45-53综述53-71 参考文献68-71攻读学位期间发表文章情况71-72致谢72-73
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京公网安备75号不久前，中国洗衣液领导品牌蓝月亮被曝光撤出家乐福、大润发等大卖场系统。“蓝月亮与大润发总部的合同没有谈好，大润发停止进货；家乐福整个西区蓝月亮下架，导致其于上月28日起陆续退场；西安人人乐也在对蓝月亮陆续清场中。整个下架行动涉及广州、西安、成都、青岛、合肥等多个关键市场。”6月9日晚间这一在微信朋友圈流传的消息，被大润发证实。一边是作为连续四年市场份额全国第一的洗衣液品牌，另一边是连锁百强表排名前几位的全国性大卖场，双方的决裂对未来零售业的格局影响深远。事实上，对于行业中老生常谈的“零供关系”而言，品牌商与大型连锁擦枪走火的事件时有发生。但近期，全国肥皂专业委员会主任、纳爱斯集团董事长庄启传在一次行业论坛上的讲话表明：与大卖场决裂却是蓝月亮“蓄谋已久”，用庄启传的话说就是蓝月亮在搞“渠道革命”。“蓝月亮或许正在进行一场市场销售渠道的革命，讲清了是革命，不同于改革，是因其跨度、力度之大，时速、频率之快，哪怕跨行业来看，也无人能望其项背。”庄启传表示。作为98%的销售来自线下的蓝月亮，为何胆敢与大卖场亦然决裂？其背后的逻辑是什么？蓝月亮撤离大卖场，对零售业而言又带来什么样的影响？作为行业协会领导、同时也是洗涤化妆品的同行，下面这篇庄启传的讲话或可帮助大家厘清思路。全国肥皂专业委员会主任、纳爱斯集团董事长庄启传1撤离KA卖场，蓝月亮“蓄谋已久”庄启传认为，这并非一次简单的双方擦枪走火，而是一次渠道的革命。“在中国任何事都有可能，但万事也都不易，天下也没有什么条件都具备再革命的事，我想蓝月亮一定是谋定而后动的。”庄启传表示。今年，蓝月亮或许正在进行一场市场销售渠道的革命，讲清了是“革命”，不同于“改革”，是因其跨度、力度之大，时速、频率之快，哪怕跨行业来看，也无人能望其项背。这也毫无疑问是洗涤用品行业今年以来媒体最为聚焦的新闻，影响力之大，没有之一。蓝月亮与KA（大型商场）谈合同时，提出了要求设专柜销售和降低合同返点，双方没有谈拢，蓝月亮因此撤出了KA卖场，把销售渠道转向网络的自营店以及发展社区的微电商。目前，洗涤用品市场销售渠道的分布，98%以上的产品还是线下销售，线上处在起步阶段，虽然今后会成为销售主渠道。且蓝月亮又与我们一般企业不一样，它是靠KA卖场销售起步，KA卖场一直以来是其最大的销售渠道，转如此大的弯，又一步到位，确属罕见。有关媒体也分析了蓝月亮不得已的苦衷和它的未雨绸缪。近年来，由于电商的兴起，分走了一大块KA卖场的市场。尽管KA卖场也在实行网络向下（三、四线城市）延伸，看起来店多了、面大了，但单店的销量却在持续下降，费用成本在不断升高，它自身平衡不了，必然转嫁给供应商；销量降低、费用增加，蓝月亮也无法承受，不得已撤出来也顺理成章。另外，蓝月亮早就预见到会有今天，在多年前就已经做适应“+互联网”发展的布局，并做了很多前期工作，与KA卖场谈崩了，只不过是把销售渠道转移提前实现而已。从以上分析来看，这种渠道革命对一般企业而言几乎无胜算的可能，但蓝月亮不仅不可同日而语，还要刮目相看。因为它有这样的经历：当年我们在座的企业也一直想突破洗衣液市场，始终未果，当蓝月亮全面发力突破时，是否也类似今日的渠道革命，看起来风险极大？但人家却成功得手了。其次，当蓝月亮在洗衣液市场开始起色时，又被“打假”大王王海就添加了增加剂问题咬住不放，结果是洗涤用品协会帮助其在国际国内调查取证，请专家、学者开新闻发布会，理事长郑舞虹还出面与对方对簿公堂，赢了官司。还有，我一直把蓝月亮看作是类似加多宝一样的企业，但它的生存环境不如加多宝，洗涤用品市场空间少于凉茶市场是其一；其二，加多宝有多年积累且面对的最大竞争对手是国字头的广药集团。而蓝月亮肯定积累不仅不如加多宝，所处的行业也是国企几乎不能生存、竞争非常严酷的行业。尽管纳爱斯与蓝月亮也是竞争者，可对于蓝月亮洗衣液率先突破后，我一直担心它是“猫打饭钵为狗做好”。现实践证明，担心是多余的，近年来，蓝月亮洗衣液销量一直遥遥领先，几乎保持在30%左右的市场份额，足以证明蓝月亮的市场策略和销售改革很接地气，令人点赞。再看这次市场销售渠道革命，媒体报道连篇累牍、紧追不舍，蓝月亮借助企业转型升级“互联网+”的概念再次把自己送上了风口，充满正能量，何等的高大上。蓝月亮这种借势造势的能力和大手笔真的不能小看，不再是像大部分企业目前尚停留在所买的广告是否合算的评估上，而是顺势就免费挣足了眼球，已远远不是3-5个亿所能买来的广告效应。这不但进一步在市场和消费者心目中确定了蓝月亮是中国洗衣液第一品牌的位置，而且告诉大家将继续领导潮流，走在前列，不是吗？就连我们这些竞争对手，不也是不知不觉跟进在说了吗？2号召同行“抱团”作战庄启传认为，蓝月亮撤离大卖场从客观上为洗涤化妆品供应商的同行们争取了谈判空间。但一些品牌的同行们没有团结一致反而去补蓝月亮空出来的“缺”。供应商不能团结一致而被大卖场逐个击破。“我们已经为自私付出了代价，我们是否还要盲目下去，继续付出代价？那行业还有什么凝聚力、向心力？”庄启传表示。蓝月亮向KA卖场要主动权，争利益虽没达成，但无形中为后续要进KA卖场的行业企业拓展了空间，创造了要价的回旋余地。但现在事实正恰恰相反，令人意想不到，似乎没有人珍惜或意识到蓝月亮付出了代价后所创造的空间，反而是争着急于去填补蓝月亮撤出后的空缺，还愿为此承担更高的费用。所以说过去市场流传的“要费用，找舒蕾”，现已改为“要费用，找XX”了，有花更大价钱的人了，真让人啼笑皆非。前段时间，郑舞虹理事长打电话问我说，今年以来，牙膏、香化行业效益都非常好，而我们洗涤用品行业效益下降，是什么原因？我说没有啊，纳爱斯的销售收入和利税都保持着两位数增长。而且我心里一直都是这么想的：洗涤用品行业和纳爱斯所在地丽水市有着诸多相像。丽水市是个小地方，离海不算远，但是个山区，这种特殊的地理位置，像夏天的台风来袭，很少担当台风侵袭的风险，却更多享用丰盛的雨水滋润，秀山丽水，养生福地，因此万物郁郁葱葱。洗涤用品也是一个小行业，尽管是个彻底市场化竞争的行业，但又是生活必需品，经济危机影响再大，也不至于不洗衣服、不洗澡，更何况今年国家经济也仅仅是发展速度放缓而已，其原材料价格下降的好处，我们享受了；而我们产品的销售价格基本没调整，效益怎么可能下降呢？现在算是看明白了，在商业环节人为抬高成本是造成我们整个行业效益下降的原因之一，是不是这几年行业日子好过了，钱多了，人就土豪了。产生问题不在外因、在内因，是同行、是我们自己作贱。两年前，行业在杭州开专业委员会时，请了浙江大学管理学院院长来讲课。院长的老家在浙江萧山农村，他现在回到村里，大家都羡慕他事业有成。他感慨地说，他当年在农村时，虽仅仅一亩三分田，但竞争也很激烈，好不容易跳出那个圈子，把不要的锄头扔掉时，许多农民蜂拥来抢。我就在想，在当今蓝月亮销售渠道转型期，我们是否已经沦为抢锄头的农民了。农民最朴实，但也自私。这使我想起了一位名叫马丁·尼莫拉的德国新教牧师，他在美国波士顿犹太人大屠杀纪念碑上铭刻了一首短诗：在德国，起初他们追杀共产主义者，我没有说话，因为我不是共产主义者；接着他们追杀犹太人，我没有说话，因为我不是犹太人；此后他们追杀工会成员，我继续不说话，因为我不是工会成员；再后来他们追杀天主教徒，我还是不说话，因为我不是天主教徒；最后，他们奔我而来，那时再也没有人站出来为我说话。我们已经为自私付出了代价，我们是否还要盲目下去，继续付出代价？那行业还有什么凝聚力、向心力？3用壮士断腕的决心来搞渠道革命庄启传表示，对于严重依赖线下渠道的蓝月亮而言，与大卖场决裂必然要遭遇销售下滑的痛苦。新的销售模式会产生新的利润分配机制，和众多合作伙伴的利润分配机制是否能达到预期效果，还需要时间来检验。大家肯定都清楚，蓝月亮的市场销售渠道革命，说易行难，与KA渠道的合作终止，短期内原渠道的产品销量肯定下滑，断腕的痛苦已经显现。接下来，新的销售模式会产生新的利润分配机制，和众多合作伙伴的利润分配机制是否能达到预期效果，还需要时间来检验。近段时间，大家也看到蓝月亮在有些方面已做了策略性调整和技术方面的修正，这样会更有利于目标实现。蓝月亮的行动除自身需求外，都是对行业今后发展的方向和道路的有益探索。现时，下成功与否等任何结论都为时尚早，但行业内要提倡学习蓝月亮这种“敢为人先，持续革命”的精神却一定不会早了。克服无序竞争，避免由自私带来的盲目冲动给行业和自身带来的危害，更确属必要。今人不见古时月，今月曾经照古人。月亮世代与人类相伴，人们看月亮一般都集中在形态变化上，讲月有阴晴圆缺，或集中其发光程度上，称其镀银光，洒在地上疑是霜等等。几乎没有听人说过月亮颜色的红黑蓝绿，唯独蓝月亮是从颜色角度去称呼月亮，叫蓝月亮，这是否是因为生产洗涤用品，称呼蓝色意味着有更洁净的表现。因为过去在洗干净了白衬衫后，人们最后还会在漂洗白衬衫的水里滴上几滴蓝墨水，洗后白衬衫就会显得更白，蓝月亮是否有此用意我无从考证。但其近几年崛起的表现是可以看到的，当块状、粉状洗涤用品是主流时，它硬生生要开辟一块液状市场；当线下市场是销售主流渠道时，它又要进行渠道革命，把销售重心转移至线上市场，就是说“我就是不与尔等相同”，一直在避开市场红海，寻找新的蓝海，这不是“APEC蓝”，这是一种创新驱动的蓝。蓝月亮是蓝的！ 电商平台将成为蓝月亮的新生渠道《第三只眼看零售》认为，蓝月亮之所以要搞革命，主要原因有二。其一、零售商借助自己的渠道优势不断给供应商施加压力，最终超过了供应商可以承受的范围，迫使其决然离场；其二、电商新生渠道给供应商带来了另一条可行的道路，传统零售商不再是唯一的渠道。这说明，大卖场依靠供应商后台利润的传统盈利模式已经无法适应当前的消费环境和市场格局。另一方面，传统大卖场的话语权已经今非昔比，在这样的背景下，实体零售商盈利转型已经迫在眉睫。在未来，零售业的竞争最终将回归到商品的竞争。如果零售商因为盈利模式的陈旧而让一个个具有市场号召力的品牌撤离大卖场，最终无异于杀鸡取卵，自掘坟墓。?————————————信息泛滥时代，我们从不缺少资讯零售人需要的是专业、精准的“真资讯”第三只眼看零售遍访零售企业为你提供新鲜、独家、原创的“真资讯”微信查找“第三只眼看零售”或扫描下方二维码关注我们你还可以加入第三只眼看零售读者群数百位零售业高管等你来相识QQ群号：
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本文阐述了国内外居民生活水平评价研究的相关理论,利用SPSS软件工具,根据国家统计调查制度公布的云南城镇住户调查相关数据,基于因子分析法在研究居民生活水平评价的优点,运用管理学、经济学以及统计学知识,对云南城镇居民生活水平综合评价进行研究分析,然后对如何提高和改善城镇居民生活提出有针对性的建议。其目的是希望研究方法和研究结果能为政府改善城镇居民生活、制定收入分配政策、调整消费结构以及完善社会保障等方面在制定公共政策和进行公共管理上提供依据和参考。
【关键词】：
【学位授予单位】：云南大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2011【分类号】：F126;F224【目录】：
摘要3-4Abstract4-71 绪论7-11 1.1 研究的背景及意义7 1.2 研究的思路和方法7-8 1.3 国内外研究现状8-11
1.3.1 国际上居民生活水平评价的发展8-10
1.3.2 我国居民生活水平评价的发展10-112 因子分析的研究思路和研究方法11-16 2.1 因子分析法研究城镇居民的生活水平综合评价的优势12 2.2 因子分析法介绍12-13 2.3 因子分析法的基本思想13-14 2.4 因子分析的数学模型14-15 2.5 因子分析的计算和求解步骤15 2.6 分析软件介绍15-163 云南省城镇居民生活水平的实证分析及综合评价16-27 3.1 指标和地区选取16-18 3.2 检验待分析的变量是否符合因子分析的条件18 3.3 因子提取18-20 3.4 计算因子得分20-21 3.5 综合得分计算21-22 3.6 因子分析22-274 提高和改善云南城镇居民生活水平的对策建议27-30 4.1 制定针对不同收入群体的消费政策27 4.2 引导居民转变消费意识,调整消费结构27-28 4.3 加速经济发展,增加居民收入28 4.4 多措并举,全面改善居民生活质量28-29 4.5 完善社会福利制度29 4.6 建立正常增资机制,努力提高居民工薪收入29-30 4.7 进一步完善收入分配制度,完善转移支付分配制度305 结论和研究展望30-34 5.1 研究结论30-32 5.2 研究展望32-34参考文献34-36致谢36-37附录37
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