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除了内资独立核算分公司，其它分公司的企业所得税都由总机构或核算地汇总缴纳。汇总缴纳企业所得税的好处是，总、分支机构盈亏互抵后可以减少当期所得税支出，从而减少现金流出。 内资企业独立核算的分公司，在分公司所在地缴纳企业所得税，汇算清缴也同其它独立纳税人一样，经国家税务总局批准，还可以由总机构汇总缴纳企业所得税。本文主要介绍汇总缴纳企业所得税的分支机构如何处理所得税汇算清缴有关问题。
一、内资非独立核算分公司所得税汇算清缴
根据《企业所得税暂行条例实施细则》的规定，不能同时具备下列条件的分公司，为非独立核算分公司：1）在银行开设结算账户；
2）独立建立账簿、编制财务会计报表；
3）独立计算盈亏等。 非独立核算分公司所有的收益和成本，都计入总公司（或核算地）帐目。这种情况下，核算地统一计算盈亏，按规定预缴所得税，年终汇算清缴，也不需要审批。也就是说，非独立核算分公司不涉及到所得税问题。& &
二、独立核算分公司汇总纳税的所得税汇算清缴
根据《国家税务总局关于规范汇总合并缴纳企业所得税范围的通知》（国税函[2006]48号）的规定，经国家税务总局审批，独立核算的分公司可以由总公司汇总缴纳企业所得税，在这种情况下，根据《国家税务总局关于汇总(合并)纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预交、集中清算所得税问题的通知》（国税发[2001]13号）的规定，总公司和分公司分别计算盈亏，年终由总公司集中清算，合并缴纳企业所得税。
独立核算的分公司是一个独立的所得税纳税主体，只是汇总纳税时，纳税地点不同而已，并且可以盈亏互抵后纳税。
1.分支机构就地预缴所得税：
以总公司和符合独立核算条件的各级分公司为就地预交所得税的成员企业；
汇总纳税的银行保险企业，以分行(分公司)、支行及相当于支行一级的办事处(分理处)，为就地预交所得税的成员企业；
预缴所得税比例： 1）成员企业就地预交企业所得税的比例，一般为年度应纳所得税额的60%。
2）在经济特区、上海浦东新区、以及本部地区属于国家鼓励的汇总纳税成员企业，可按年度应纳税所得额的15%就地预交。
3）总机构各成员企业盈亏相差悬殊，就地预交税款与集中清算结果差额较大的，可由总机构报国家税务总局批准后，对个别影响较大的成员企业就地预交的比例予以适当调整。
2.亏损弥补：
分公司在总机构集中清算年度发生的亏损，由总机构在年度汇总清算时统一盈亏相抵，并按规定递延抵补，各成员企业均不再用本企业以后年度的应纳税所得额进行弥补亏损。3.汇算清缴：
根据《国家税务总局关于进一步加强汇总纳税企业所得税管理的通知》（国税发[号）、《国家税务总局关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知》（国税发[号）规定，分公司应在年度终了后45日内完成年度纳税申报，分公司向汇缴企业报送的资料，必须先经分公司的主管税务机关审核。分公司未经当地税务机关签字盖章的纳税申报，汇缴企业所在地税务机关不予受理。
分公司若未在规定时间内办理纳税申报，所在地税务机关应就地对其征收企业所得税。汇缴企业在年度终了后4个月内（经营人寿保险业务的保险企业，申报时间可延迟至年度终了后6个月内），向所在地主管税务机关报送下列资料，集中清算：1）汇总总、分公司的《企业所得税年度纳税申报表》； 2）总公司及各分公司的《企业所得税年度纳税申报表》；
3）企业会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书；
4）备案事项的相关资料；
5）主管税务机关要求报送的其它资料。
采用电子方式办理纳税申报的，应附报纸质纳税申报资料。
统一计算的应纳所得税额，小于合计预交的企业所得税额的部分，由汇缴企业抵缴下一年度统一计算的应缴企业所得税额。
4.分公司技术改造国产设备投资抵免企业所得税的处理： 分公司技术改造国产设备投资可抵免的企业所得税额，以分公司就地预交的企业所得税按规定抵免。就地应预交的企业所得税不足抵免的部分，经当地税务机关出具证明，由汇缴企业在集中清算企业所得税时抵免。 5.分公司违法补缴所得税的处理：
分公司所在地税务机关对成员企业检查，查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税，按规定税率就地全额补征入库，不作为当年或以前年度就地预交的税款，不参与总机构的汇缴清算。
三、外资企业分公司所得税汇算清缴
外资企业在境内设立的分支机构，不区分独立核算与非独立核算，一律由总机构汇总缴纳企业所得税。根据《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》、《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发[2003]13号）规定： 1.分支机构在向总机构报送会计决算报表时，同时报送当地税务机关。
2.总公司应在每年5月31日前，向主管税务机关索取《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》，并应在6月30日前将该证明及其年度申报表和会计报表送达分公司所在地主管税务机关。
3.若在规定期限内，未向分公司所在地主管税务机关提供汇缴机构所在地主管税务机关出具已汇总申报的证明，且又无延期申报批准文件的，由分公司所在地主管税务机关负责检查核实或核定该分公司应纳税所得额，并结合税收法律法规规定的税收待遇，计算应补税额、就地征收及实施处罚。
关于亏损弥补问题： 根据《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》、《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业所得税法若干执行问题的通知》国税发[号规定， 外商投资企业合并申报我国境内各分支机构企业所得税时，当某些机构发生亏损，首先用相同税率机构的盈利进行抵补；若没有相同税率机构的盈利，可用与亏损机构相近税率机构的盈利进行抵补。盈亏相抵后仍有利润的，按有盈利的机构所适用的税率纳税。
关于所得核算问题：
根据《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》规定，如果负责合并申报缴纳所得税的总公司，不能合理地分别计算各分公司的应纳税所得额，当地税务机关可以对其应纳税的所得总额，按照营业收入比例、成本和费用比例、资产比例、职工人数或者工资数额的比例，合理分配。另外，由于分公司与总公司适用税率可能不同，所以对外资企业的分公司的要求是独立核算。
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清算业务企业所得税有哪些新规定
企业清算源于终止。企业清算是指企业因为特定原因终止时，清理企业财产、收回债权、清偿债务并分配剩余财产的行为。企业清算：从此不再持续经营与告别持续经营前提相对应，企业清算时应以清算期间作为独立纳税年度。企业清算源于终止。企业清算是指企业因为特定原因终止时，清理企业财产、收回债权、清偿债务并分配剩余财产的行为。企业只要进入清算，持续经营的假设将不复存在。持续经营原本是会计核算的四大基本前提之一，企业会计确认、计量、记录和报告全都以持续经营为前提。《企业所得税法》对应纳税所得额的计算总体是在会计利润总额的基础上进行纳税调整，这一点已经在国税发[号文件和国税函[号文件设计的《企业所得税年度申报表》中得到了完整体现，也就是说会计假设在所得税上也是大体被遵循的，只不过在个别地方基于保护税基的需要进行了修正。企业清算期间已经不是企业正常的生产经营期间，正常的核算原则将不再适用，因而会计核算及应纳税所得额的计算也应终止持续经营假设。与告别持续经营前提相对应，企业清算时应以清算期间作为独立纳税年度。财税[2009]60号文件规定，企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。无论清算期间实际是长于12个月还是短于12个月都要视为一个纳税年度，以该期间为基准计算确定企业应纳税所得额。企业如果在年度中间终止经营，该年度终止经营前属于正常生产经营年度，此后则属于清算年度。不过，稍有遗憾的是，财税[2009]60号文件并没有规定如何确定企业清算期间的开始日，实际工作中需要结合《》、《》等有关法律规定进行具体判断。清算财产：都要视同变现企业清算税务处理的核心是企业清算环节清算财产(资产)的处理。清算环节的资产所隐含的增值或者损失一律视同实现。清算是企业解散前的最后一道环节。一般来说，清算完毕后，企业作为一个法律主体、会计主体和纳税主体的资格都会随之消亡。我国税法承认企业的独立纳税人资格，因此需要在企业将剩余财产分配给股东前就清算所得缴纳企业所得税，这也是在企业层面对企业资产隐含价值行使课税权的最后环节。所以，企业清算期间的资产无论是否实际处置，一律视同变现，确认增值或者损失。确认清算环节企业资产的增值或者损失应按其可变现价值或者公允价值进行计算。清算期间，企业实际处置资产时按照正常交易价格取得的收入可作为其公允价值。对于清算企业没有实际处置的资产，应按照其可变现价值来确认隐性的资产变现损益。《企业所得税法》本身没有对可变现价&值进行定义，此时可以移植《企业会计准则》对可变现净值的规范加以确定。按照《企业会计准则》，资产的可变现净值应按照其正常对外销售所能收到的现金或者现金等价物的金额扣减该资产至完工时估计将要发生的成本、估计的销售费用以及相关税费后的金额来计量。税收优惠：与清算业务绝缘清算所得不适用任何企业所得税优惠政策。《企业所得税法》第25条规定，国家对重点扶持和鼓励发展的产业项目，给予企业所得税优惠。而企业清算期间，正常的生产经营都已经停止，企业取得的所得已经不是正常的产业经营所得，企业所得税优惠政策的适用对象已经不存在，因而企业清算期间所得税优惠政策应一律停止，企业应就其清算所得依照税法规定的25%的法定税率缴纳企业所得税。比如，一个位于西部大开发税收优惠区的企业，在2010年年底以前正常经营期间享受的是15%的定期低税率优惠，但是这样的企业如果在西部大开发优惠期间注销，其清算所得必须适用25%的企业所得税法定税率。同理，一个正常经营期间享受20%优惠税率的小型微利企业，在清算完税时却需要依照25%的税率缴纳企业所得税。实际工作中需要厘清的是，清算所得是否可以用于弥补清算前正常生产经营期间符合税法规定的亏损。由于弥补亏损并不属于税收优惠，并不能套用清算所得不适用所得税优惠政策的理由来禁止补亏。事实上，《企业所得税法》规定，企业在纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。只要不超过5年，清算所得就可以作为“以后年度的所得”参与补亏。也可以这样理解，企业清算所得可以看&作是尚未课税的隐性资产增值，如果企业在进入清算期间之前将有关资产出售，那么在总体所得不变的情况下，清算所得就会被提前转变为正常生产经营所得，因此清算所得应该和正常生产经营所得一样可以用于补亏。剩余财产：股东也有涉税处理被清算的企业不能适用税收优惠，但是继续存在的股东依然可以享受法定优惠。财税[2009]60号文件规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定可以向所有者分配剩余资产。这里的所有者可能是自然人，也可能是法人。假如这里只考虑居民法人股东，这些股东从企业分回的剩余财产，其所得税处理方式在世界各国并不完全一样。有的国家是将这些分回的剩余财产全部作为股息来处理;有的国家则将其全部作为资本利得(财产转让所得)来处理。我国则将其中的一部分作为股息，一部分作为资本利得。财税[2009]60号文件指出，清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得;剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。在这个规定中，股东分配剩余财产中确认为股息所得的部分，符合条件的可以作为免税收入看待。也就是说被清算的企业不能适用税收优惠，但是继续存在的股东依然可以享受法定优惠。延伸阅读：
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