可以单独设置账套作为内部核算用。但如果这两个账套同时也作为外部账使用单独设置两个账套，无法编制统一的会计报表也就是说，出报表也是两个还要手工处理。
其实可以用明细科目核算两个部门的费用，软件记账设置10級明细科目都可以。
管理费用—办公费—打印费—A部门
管理费用—办公费—打印费—B部门
这样也可以核算到部门
如果使用一个软件，各蔀门开具表单时单位分开，帐套就不需要单独设一套帐到月末时，自然就分出来了
这家公司（即企业法人）是内部核算的，以这家公司的名义开立基本存款账户单位银行存款账户是以企业法人为户名的结算账户，相当于一家企业的银行卡可存可取。
企业应通过“管理费用”科目核算管理费用的发生和结转情况。该科目借方登记企业发生的各项管理费用贷方登记期末转入“本年利润”科目的管悝费用，结转后该科目应无余额该科目按管理费用的费用项目进行明细核算。
企业在筹建期间发生的开办费包括人员工资、办公费、培训费、差旅费、印刷费、注册登记费等，借记“管理费用”科目贷记“银行存款”科目;企业行政管理部门人员的职工薪酬，借记“管悝费用”科目贷记“应付职工薪酬”科目;
企业按规定计算确定的应交矿产资源补偿费，借记“管理费用”科目贷记“应交税费”等科目;企业行政管理部门发生的办公费、水电费、差旅费等以及企业发生的业务招待费、咨询费、研究费用等其他费用，借记“管理费用”科目贷记“银行存款”、“研发支出”等科目。
期末应将“管理费用”科目余额转入“本年利润”科目，借记“本年利润”科目贷记“管理费用”科目。
设置账套作为内部核算用。但如果这两个账套同时也作为外部账使用单独设置两个账
套，无法编制统一的会计报表也就是说，出报表也是两个还要手工处理。
其实可以用明细科目核算两个部门的费用，软件记账设置
10级明细科目都可以。例如
办公费—打印费—A部门
管理费用—办公费—打印费—B部门
这样也可以核算到部门。
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可以设置两个帐套在期末的时候编制合并报表来反映整个公司的盈利。
也可以设置一个帐套，设置明细科目分别核算
