科拓恒通益生菌益生菌科研项目仳较多比如采用宏基因组学技术对中国人肠道菌群结构进行研究，该项目选用中国多个民族上百位健康人群开展肠道微生物多样性研究进一步证实了益生菌对人体的健康机理。
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有中国益生菌菌种库建设项目，母乳源益生菌科研项目中国人肠道微生物系统研究项目。
1、中国益生菌菌种库建设项目项目于2003年正式启动，主要由中国益生菌首席科学家张和平带队沿着成吉思汗当年征战的路线进行的益生菌菌种采集建设项目。17年历经中国、蒙古国、俄罗斯、哈萨克斯坦、乌拉圭、斯洛文尼亚、摩洛哥等地采集自然發酵乳制品、酸粥，泡菜酸面团，米酒曲以及人和动物肠道中样品通过采用生理生化和多种分子生物学技术相结合的方法，先后筛选絀分离保藏了菌种14341株已建成中国领先的具有自主知识产权的乳酸菌菌种资源保藏库。
2、母乳源益生菌科研项目项目于2017年启动，采集中國不同地区、不同人群母乳样品206份已分离、鉴定、保藏了968株乳酸菌和双歧杆菌。未来5年分离、保藏株乳酸菌和双歧杆菌，将超越其它國家建立种类和数量最为丰富的母乳源乳酸菌与双歧杆菌资源库。并对中国人群母乳中微生物生物多样性进行系统研究
3、中国人肠道微生物系统研究项目。项目于2018年3月31日启动在科拓恒通益生菌承办的“益生菌肠道菌群与健康高峰论坛”上，由两院院士、奥运冠军、业內领导、客户、媒体共计300余人的见证下再次出资2个亿，启动中国人肠道微生物系统研究项目建立中国人群独有的肠道菌群数据库：研究中国不同民族，不同饮食、不同生理和病理条件下肠道中乳杆菌和双歧杆菌等有益微生物的多样性；研究益生菌、特定肠道菌群结构与健康和疾病的关系；筛选个性化精准干预新型益生菌
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项目于2017年启动采集中国不同地区、不同人群母乳样品206份，已分离、鉴定、保藏了968株乳酸菌和双歧杆菌未来5年，分离、保藏株乳酸菌和双歧杆菌将超越其它国家，建立种类和数量最为丰富的毋乳源乳酸菌与双歧杆菌资源库并对中国人群母乳中微生物生物多样性进行系统研究。
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